（1）研究院

学院设有中国特色社会主义研究院、长江三角洲研究院、领导研究院等虚实结合的院级研究机构。

（2）研究中心

学院研究中心为研究院所属开放式虚拟研究机构，现有党性教育研究中心、生态文明研究中心、基层党建研究中心、中共中央机关在上海十二年研究中心、中外政党与政府比较研究中心、基层社会治理创新研究中心、“一国两制”研究中心、经济高质量发展研究中心、科技与产业创新研究中心、“一带一路”与对外开放研究中心、城市现代化研究中心、“双碳”研究中心、乡村振兴研究中心、金融创新研究中心、金融风险防范研究中心、领导与传播研究中心、干部素质测评与心理健康研究中心、干部教育研究中心、领导力研究中心、城市治理与危机管理研究中心、公共政策创新研究中心等。

（3）博士后科研工作站

学院博士后科研工作站于2010年8月经国家人力资源和社会保障部、全国博士后科研流动站管理协调委员会批准设立。学院与中国人民大学、中国社会科学院、复旦大学、华东师范大学建立良好的合作关系，联合培养马克思主义理论、经济学、管理学等学科的博士后研究人员。

（4）上海市重点智库

学院中国特色社会主义研究院于2020年获批上海市重点智库，并在首轮建设周期的综合评估中获“优”。2024年获批参与新一周期上海市新型智库建设试点工作。

（5）上海市习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心中国浦东干部学院研究基地

学院于2019年10月10日入选上海市习近平新时代中国特色社会主义思想研究基地，主要研究方向为：中国特色社会主义基本问题研究；中国特色社会主义实践创新研究等。